番外篇45
為了給信任溫蒂的琪亞娜三人爭取足夠的時間，德麗莎通過公頻廣播天命總部派出的S級女武神幽蘭黛爾的坐標來讓有技術竊聽廣播的逆熵艦隊選擇優先襲擊幽蘭黛爾。後由於可可利亞的介入，布洛妮婭被操控，溫蒂和芽衣被捕獲，琪亞娜則被姬子帶回了學園，在德麗莎和姬子的幫助下來到關押芽衣的ME社總部大樓，卻被大樓嚴密的守衛攔住。找不到潛入方法的三人在布洛妮婭視頻通訊顯示的正常的狀態下，被布洛妮婭騙入大樓，可可利亞順勢封死了三人的退路。
三人殺入實驗室後，面對是被控制的布洛妮婭。不願意傷害芽衣的布洛妮婭燒毀了腦中的生物晶片，將芽衣託付給琪亞娜後陷入昏迷。一直觀察實驗室的可可利亞放出機甲阻止三人帶著芽衣和布洛妮婭離開的同時，加快溫蒂的實驗進度，在取出渴望寶石前，可可利亞讓溫蒂將遺言以通信的方式告訴布洛妮婭。
之後三人帶著醒來的芽衣擊破了可可利亞啟動的天父，逃離了ME社，回到了學園。然而學園的技術也無法醫好布洛妮婭，於是德麗莎決定在學園地下教堂中存放的天命最高的生物技術中查找治療布洛妮婭的方法。事後，少軒暗中復活了溫蒂。
德麗莎在搜索「人腦接入生物晶片」的相關資料時，僅檢索到一條第二次崩壞時期的記錄是德麗莎有訪問權限的。生成數據空間後，悄悄跟著德麗莎進入教堂地底的琪亞娜也進入了空間，沉浸在西琳塑造的夢中，和母親塞西莉亞一起戰勝第二律者。夢境解除後，琪亞娜被符華和幽蘭黛爾抓走。受傷的德麗莎通過愛衣發布命令，通知姬子做好對天命總部的出擊準備，同時將布洛妮婭轉移到休伯利安號上，馬上開始準備手術。
因為德麗莎和麗瑟爾的約定，需要融合月光王座主引擎的休伯利安需要留在學園改造，德麗莎和姬子先行乘坐運輸艦赫利俄斯突入天命總部。在進入天命總部領空範圍後，大量崩壞獸因為西琳的覺醒，向著總部匯聚。為了解決襲擊赫利俄斯的崩壞獸，姬子親自登上甲板。然而在姬子清理崩壞獸差不多時，審判級崩壞獸貝納勒斯卻登陸了赫利俄斯，幸好發現赫利俄斯的兵力不足以對付貝納勒斯的符華將其引走。剩餘崩壞獸則在姬子和麗瑟爾、特斯拉兩人帶來的逆熵七成機甲部隊的幫助下解決。
之後在改裝完畢，趕到天命總部的休伯利安的援助下，姬子率領地面部隊占領了天命總部第三空港，特斯拉則侵入空港的系統，找到了琪亞娜的蹤跡。為了救出琪亞娜，姬子和特斯拉決定關閉琪亞娜所在的赫爾海姆實驗室附近的大型崩壞爐，以此切斷守護實驗室的屏障的能量來源。雖然成功癱瘓了崩壞爐，但卻遭到麗塔和符華的阻擊，雙雙淪為階下囚。
姬子和特斯拉被麗塔和符華押送會教廷途中，姬子因長期的身體損傷和疲勞而昏迷。
三人殺入實驗室後，面對是被控制的布洛妮婭。不願意傷害芽衣的布洛妮婭燒毀了腦中的生物晶片，將芽衣託付給琪亞娜後陷入昏迷。一直觀察實驗室的可可利亞放出機甲阻止三人帶著芽衣和布洛妮婭離開的同時，加快溫蒂的實驗進度，在取出渴望寶石前，可可利亞讓溫蒂將遺言以通信的方式告訴布洛妮婭。
之後三人帶著醒來的芽衣擊破了可可利亞啟動的天父，逃離了ME社，回到了學園。然而學園的技術也無法醫好布洛妮婭，於是德麗莎決定在學園地下教堂中存放的天命最高的生物技術中查找治療布洛妮婭的方法。事後，少軒暗中復活了溫蒂。
德麗莎在搜索「人腦接入生物晶片」的相關資料時，僅檢索到一條第二次崩壞時期的記錄是德麗莎有訪問權限的。生成數據空間後，悄悄跟著德麗莎進入教堂地底的琪亞娜也進入了空間，沉浸在西琳塑造的夢中，和母親塞西莉亞一起戰勝第二律者。夢境解除後，琪亞娜被符華和幽蘭黛爾抓走。受傷的德麗莎通過愛衣發布命令，通知姬子做好對天命總部的出擊準備，同時將布洛妮婭轉移到休伯利安號上，馬上開始準備手術。
因為德麗莎和麗瑟爾的約定，需要融合月光王座主引擎的休伯利安需要留在學園改造，德麗莎和姬子先行乘坐運輸艦赫利俄斯突入天命總部。在進入天命總部領空範圍後，大量崩壞獸因為西琳的覺醒，向著總部匯聚。為了解決襲擊赫利俄斯的崩壞獸，姬子親自登上甲板。然而在姬子清理崩壞獸差不多時，審判級崩壞獸貝納勒斯卻登陸了赫利俄斯，幸好發現赫利俄斯的兵力不足以對付貝納勒斯的符華將其引走。剩餘崩壞獸則在姬子和麗瑟爾、特斯拉兩人帶來的逆熵七成機甲部隊的幫助下解決。
之後在改裝完畢，趕到天命總部的休伯利安的援助下，姬子率領地面部隊占領了天命總部第三空港，特斯拉則侵入空港的系統，找到了琪亞娜的蹤跡。為了救出琪亞娜，姬子和特斯拉決定關閉琪亞娜所在的赫爾海姆實驗室附近的大型崩壞爐，以此切斷守護實驗室的屏障的能量來源。雖然成功癱瘓了崩壞爐，但卻遭到麗塔和符華的阻擊，雙雙淪為階下囚。
姬子和特斯拉被麗塔和符華押送會教廷途中，姬子因長期的身體損傷和疲勞而昏迷。